Hola, no les paso que cargan un disco en un pendrive y el lector (sony, pionner, etc) los lee como se le canta.. sin seguir el orden???
Esta es la solución en linux:
fatsort (http://fatsort.sourceforge.net/)
Se instalan esa aplicacion y luego desde una terminal ejecutan como root esto:
umount /dev/sdb1
fatsort -n /dev/sdb1 (ojo, sdb1 o como se llame la particion donde se monto el pendrive)
Aca estan explicados los comandos: http://manpages.ubuntu.com/manpages/lucid/man8/fatsort.8.html
Creo que hay algo tambien para Windows pero nunca los use:
DriveSort
FAT Sorter
y listo! fin del tema, los archivos ordenados por nombre/carpeta
Saludos!
Espero que les sirva